Nedostaju alati za identifikaciju novih sojeva

Iznenadni porast broja zaraženih koronavirusom u južnoafričkoj pokrajini Hauteng od sredine novembra prvi je upozorio naučnike u toj zemlji na pojavu zabrinjavajućeg novog soja omikron.

Zdravstveni eksperti odaju priznanje brzom radu južnoafričke naučne zajednice, međunarodno priznate zbog dobrog učinka u borbi protiv epidemije HIV i tuberkuloze, za identifikovanje novog soja i preduzimanje mjera da upozore svijet.

Međutim, rupe u globalnim naporima za praćenje mutacija, procesu poznatom kao sekvenciranje genoma, otežavaju ne samo praćenje ranih slučajeva nego i identifikovanje budućih sojeva, piše “Fajnenšl tajms”.

Alati potrebni za sekvenciranje genoma koncentrisani su u bogatijim zemljama, što znači da se veliki djelovi svijeta ne prate pravilno, ističe FT. List navodi da više od 80 odsto od preko pet miliona genoma Sars-Cov-2 učitanih u međunarodnu bazu podataka Gisaid, koja promoviše brzu razmjenu informacija o koronavirusima, potiče sa dva kontinenta – Sjeverne Amerike i Evrope.

Sekvenciranje genoma je donedavno bila uska oblast istraživanja koju su koristili prvenstveno akademici i eksperti za zarazne bolesti. Pandemija je to promijenila i Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) je identifikovala sekvenciranje genoma kao ključno oružje u borbi protiv virusa koji je ubio više od pet miliona ljudi širom svijeta.

Genomska neobičnost u vidu nedostajućeg gena znači da omikron može biti otkriven putem PCR testiranja. Eksperti kažu da je u sekvenciranju kvalitet puno važniji od kvantiteta.

“Nisu u pitanju brojevi, nego razumijevanje epidemije”, kaže Tulio de Oliveira, profesor bioinformatike na Univerzitetu Stelenboš, čiji je tim prvi analizirao genome sa velikim brojem mutacija koji su otkriveni u Hautengu.

On je rekao da Brazil, Ujedinjeno Kraljevstvo i Indija imaju čak 10.000 puta više sekvenciranja nego Južnoafrička Republika. “Međutim, mi smo brže identifikovali oba soja (raniji beta i omikron). Ako pronađemo da se nešto širi svuda, na mjestima stotinama kilometara udaljenim jedno od drugog, možemo donijeti čvrste zaključke poput toga o potencijalnom novom soju koji je sve rasprostranjeniji”.

Međutim, eksperti priznaju da čak kada bi ostatak svijeta nastojao da pojača svoje kapacitete za sekvenciranje genoma, to bi im otežao nedostatak sirovina, prije svega reagensa koji su potrebni za taj proces, piše FT.

Osnivač Gisaida Piter Bogner kaže da zapadne države nisu naučile lekciju od alfa soja, koji je protutnjao južnom Engleskom prije nego što se proširio svijetom prošle godine.

“Poslije alfe, digla se velika buka o potrebi da zemlje poboljšaju napore za sekvenciranje genoma”, rekao je Bogner. “Zemlje kao što su SAD i Njemačka, koje su na kraju 2020. pokazale loš učinak, možda su preokrenule stvari. Ali zanemarili su hitnu potrebu da se zemlje sa niskim i srednjim prihodima domognu reagensa potrebnih za dobijanje podataka”.

Mali broj zapadnih zemalja je od početka pandemije gomilao reagense, hemikalije koje je opisao kao “gorivo” za tehnologiju sekvenciranja genoma.

De Oliveira je rekao u četvrtak da Južoafričkoj Republici opasno nedostaju reagensi i da ih ima samo za još tri dana. FT ističe da je taj nedostatak, upravo kada je svijet tražio odgovore iz južne Afrike, pogoršan zabranama putovanja koje su brojne države uvele zemljama tog regiona nakon otkrića omikrona.

“To je teško jer ovi reagensi imaju hladni lanac. Kada su danima zaglavljeni na aerodromu, uništavate hladni lanac”, rekao je De Oliveira, upoređujući mentalitet koji je podstakao zabrane letova koje su uvele zapadne nacije sa gomilanjem vakcina koje je oskudno imunizovano stanovništvo južne Afrike ostavilo izloženim novim sojevima.

On je dodao da je prije omikrona bilo teško doći do reagensa i da se bogate države “gotovo hvale” obimom sekvenciranja koje sprovode.

Sa njim je saglasna Fransin Ntoumi, osnivačica Kongoanska fondacije za medicinska istraživanja u Brazavilu.

Ona je rekla da je genomsko praćenje najpotrebnije u zemljama sa niskim stopama vakcinacije. Zemlje u kojima hronični bolesnici ne mogu da dobiju pristup vakcinama “uvijek će najvjerovatnije ubrzati adaptaciju i evoluciju virusa”.

Prije pojave omikrona, laboratorija Ntoumiejeve, koja je sekvencirala ukupno oko 300 genoma Sars-Cov-2, bila je prva koja je otkrila soj nazvan B.1.640, koji je takođe imao niz neobičnih mutacija šiljatog proteina.

“B.1.640 je trebalo da bude znak upozorenja onoga što će doći sa omikronom”, rekla je.

Bogner je rekao da je iz prve ruke bio svjedok nejednakosti genomskog nadzora u sjedištu Gisaida u Kaliforniji.

“Imamo prostoriju u kojoj se vrši vizuelna trijaža, gdje ulaze podaci. Kada stigne desetak sekvenci genoma iz zemalja koje su u prošlosti prijavile vrlo malo, tamo se slavi. Kada stigne 20.000 genoma koje je proizveo veliki izvođač američke vlade, reakcija nije ista”.

 

SZO: Nema dokaza koji podržavaju preradu vakcina

Direktor SZO za vanredne situacije, Majk Rajan, rekao je juče da ne postoje dokazi koji bi podržali preradu vakcina protiv kovida-19 kako bi se one prilagodile omikronu.

“Trenutno imamo veoma efikasne vakcine koje funkcionišu. Moramo da se usredsredimo na to da se one pravednije distribuiraju. Moramo da se usredsredimo na vakcinisanje ljudi koji su najviše ugroženi”, rekao je Rajan.

Predsjednik Bocvane Mokgvetsi Masisi rekao je da su neki od četvorice diplomata koji su prvi bili pozitivni na omikron u toj zemlji, došli iz Evrope. On je pozvao na ukidanje široko rasprostranjenih zabrana putovanja.

Dok još nije utvrđeno gdje se omikron prvo pojavio, Južnoafrička Republika je 25. novembra, a Bocvana dan kasnije, objavila da je otkrila novi soj čije čije se mutacije razlikuje od dominantnog delta soja.

Južna Afrika se takođe žalila da je kažnjena zato što je rano identifikovala novi soj.